Heinäkuun alusta 2008 voimaan tulleella lain muutoksella muokattiin huoltovarmuudesta vastaava organisaatio uudelleen. Aiemmin oli operatiivisia tehtäviä hoitanut Huoltovarmuuskeskus ja varautumisen suunnittelua ja toimipaikkakohtaista varautumista koordinoinut puolustustaloudellinen suunnittelukunta. Uudessa organisaatiomallissa nämä toiminnot on yhdistetty.

Huoltovarmuuskeskuksen toimintaa johtaa hallitus, jossa on vahva elinkeinoelämän edustus. Hallitus huolehtii Huoltovarmuuskeskuksen varoista sekä johtaa huoltovarmuussektoreita ja pooleja. Viime mainitut ovat viranomaisten ja elinkeinoelämän yhteistyötä varten perustettuja pysyvän komitean tapaan toimivia toimielimiä.

Huoltovarmuuskeskusta johtaa toimitusjohtaja hallituksen antamien suuntaviivojen mukaan.

Huoltovarmuuskeskuksen yhteydessä toimii huoltovarmuusneuvosto, joka tarkastelee maan huoltovarmuuden tilaa yleisesti ja tekee aloitteita huoltovarmuutta koskevissa asioissa.